Optionsempfindlichkeitsverhältnisse

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Methoden für das Screening dieser mutierten Sammlungen präsentiert werden. Sammlungen von genomweiten Deletionsmutanten in Hefe und E. Erst nachdem diese Arbeit abgeschlossen ist können wir verfolgen, High-Throughput-Phänotypisierung. In den vergangenen zehn Jahren hat unser Labor ein Portfolio von wettbewerbsfähigen, miniaturisierte, Optionsempfindlichkeitsverhältnisse Tests, die in parallel ausgeführt werden können, verfeinert.

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Um dies zu erreichen führen wir eine kombinierte Störung Transposon-Barcoding Ansatz, der optionsempfindlichkeitsverhältnisse öffnet parallel Barcode-Assays neu sequenziert, aber schlecht charakterisiert Mikroben. Zur Veranschaulichung dieses Ansatzes präsentieren wir eine neue Candida albicans Barcode Störungen Sammlung und beschreiben, wie beide Microarray-basierte und Sequenzierung der nächsten Generation-Plattformen verwendet werden kann auf Protocol 1.

empfindliche - Englisch Übersetzung - Deutsch Beispiele | Reverso Context

Optionsempfindlichkeitsverhältnisse Es gibt mehrere Möglichkeiten, um Mutanten, die Barcode-Etiketten tragen zu generieren.

Um zu demonstrieren, wie Barcode-Transposons können eine schnelle, optionsempfindlichkeitsverhältnisse anwendbare Strategie zum Aufbau systematischer Sammlungen mutierten werden wir auf einer Sammlung, die wir vor kurzem in der menschlichen Pilzpathogen, Candida albicans erstellt konzentrieren. Die Probe-Protokoll, können mit geringfügigen Änderungen verwendet werden, um jeden Organismus, der in Suspensionskultur gezüchtet werden können Bildschirm.

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Da nur wenige Organismen die erforderlichen hohen Transformation und effiziente mitotische Rekombination benötigt, um optionsempfindlichkeitsverhältnisse Deletionsmutanten erstellt haben, entsprechend haben wir ein Protokoll, das Transposon-Mutagenese verwendet in vitro zu einer genomischen DNA-Bibliothek mutagenisieren, und dann verwandelte diesen Barcode Bruchstücke in Candida albicans 34.

Das Protokoll wird vorausgesetzt, dass die gewünschte mutierte Sammlung erstellt wurde z. Für eine detaillierte Beschreibung der Konstruktion von Stämmen sehen, 1,13, Die Höhe der Ethanol Bäder über optionsempfindlichkeitsverhältnisse Niveau in das Wasserbad, um sicherzustellen, all carry-over-Zellen geflammt und entfernt werden.

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Übersetzung für "empfindliche" im Englisch

Wenn nicht mit Hilfe von Robotern, fahren Sie mit Schritt 5 fort. Unmittelbar verdünnen gently! Mindestens ein geeignetes Lösungsmittel Kontrolle auf der Platte. Für Experimente, die über 5 Generationen des Wachstums erweitern dh mehr als 1 gutfüllen benachbarten Optionsempfindlichkeitsverhältnisse mit den Medien oder den Zustand der Wahl, aber optionsempfindlichkeitsverhältnisse Zellen.

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Seal mit einer Kunststoffplatte Optionsempfindlichkeitsverhältnisse wenn die Bedingung erfordert aerobe Wachstum z. Ein Teil der Zellsuspension kann durch den Roboter geerntet werden und auf eine kalte Platte auf den Roboter-Deck benutzerdefinierte Generation Zeitpunkten, in der Regel 5, optionsempfindlichkeitsverhältnisse, 15 und 20 Generationen des Wachstums gespeichert.

Nislow oder G. Für die manuelle Zellwachstum, impfen einer 50 ml Kultur bei einem Ausgangs-OD von 0, in einer ml Kulturflasche.

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Zusätzliche Generationen von Wachstum kann durch Verdünnung Zellen bei einer OD von 2,0 bis 0,02 zurück in eine frische Flasche erhältlich. Das Gesamtvolumen beträgt 60 ul.

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Vornässen Arrays durch langsames Befüllen mit ul 1X Hybridisierungspuffer. Kochen für 2 Minuten und stellen in Eis-Wasser für mindestens 2 Minuten. Kurz Spin die Rohre vor dem Gebrauch.

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Es ist auch möglich, die Post-Hybridisierung zu waschen, die Biotin-Färbung, optionsempfindlichkeitsverhältnisse die post-Färbung waschen manuell durchführen siehe S. Nach dem waschen, damit keine Optionsempfindlichkeitsverhältnisse vorhanden sind. Falls notwendig, 90 ul Wash A und Pipette langsam, bis die Blasen verschwinden. Wenn es irgendwelche Marken oder smudges auf der Array-Oberfläche, reinigen Sie die Glasscheibe mit Isopropanol und einem fusselfreien Tuch.

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Entfernen unbrauchbar tags: Tags mit niedriger Intensität Werte geben schlechte Qualität der Ergebnisse und müssen entfernt werden. Koppeln Sie die uptag und downtag Verhältnisse durch den Stamm und optionsempfindlichkeitsverhältnisse jede Tag-Paar, nehmen Sie die minimale Intensität für die optionsempfindlichkeitsverhältnisse tags in den beiden Proben.

Sortieren Verhältnis Paaren, die durch diese minimale Intensität. Auch die Berechnung der Mittelwert der minimalen Intensitäten im vorherigen Schritt berechnet. Schieben Sie das Fenster mit 25 Paar, und wiederholen Sie den vorherigen Schritt, bis alle Paare gekreuzt haben gewesen.

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Plot der durchschnittlichen Mindest-Intensität gegen die uptag-downtag Korrelation für alle Fenster. Flag und entfernen Sie aus der weiteren Analyse keine Tags unterhalb dieser Grenzfrequenz. Um dies zu korrigieren Sättigung folgen das Protokoll in Referenz 16 beschrieben.

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Array Normalisierung: Für jedes Array, normalisieren die uptags und downtags getrennt. Um Quantil Normalisierung Rang der Werte aus den einzelnen Array für uptags und downtags in der Reihenfolge zunehmender Intensität gewonnen. Um meine normalisieren für optionsempfindlichkeitsverhältnisse Satz von uptags und downtags, durch den Mittelwert verteilen.

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Die mittlere Normalisierung aller Arrays wird in einem zweiten Schritt folgt die Umwandlung der Rohdaten mit dem Mittelwert der einzelnen Arrays. Stämme mit einem positiven log 2-Verhältnis empfindlich auf die Behandlung, und solche, die resistent sind negative log 2-Verhältnisse. DiesePrimer verwendet entsalzt ohne weitere Reinigung werden.

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GD bis Cluster sind regeneriert und sequenziert für 5 Zyklen, um den Index-Tag zu erfassen. Innerhalb der einzelnen experimentellen bin, sind die Hefe Barcode-Sequenzen ausgezählt zu einer Gesamtzahl von Zählungen für jeden Barcode geben.

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Die Zählungen werden Quantil normalisiert, so dass jeder Versuch hat die gleiche Anzahl Distribution. Positive Fitness Optionsempfindlichkeitsverhältnisse Noten bedeuten eine Abnahme der Belastung Fülle während der Behandlung und lassen vermuten, dass das Wildtyp-Version des Gens in diesen Stamm gelöscht für die Resistenz gegen das Medikament oder Inhibitor optionsempfindlichkeitsverhältnisse nicht erforderlich.

Mit den Kosten der Sequenzierung mit hohem Durchsatz sinkt, mit Hochdurchsatz-Sequenzierung als ein Auslesen der Tag-Fülle wird immer möglich und in vielen Fällen kostengünstiger ist Dies eliminiert falsche Negative und Positive, das von Tag Kreuzkontamination, Sättigung oder Fragen im Zusammenhang mit sehr hohen oder sehr niedrigen Signalintensitäten entstehen.

Diese sind jedoch stets komplexe und empfindliche Freistrahlaufbauten. However, said systems are always complex and sensitive free beam structures. There is also an urgent need for the development and validation of a sensitive method of analysis.

Mehrere "mid-Kapazität" Sequenzer aus allen wichtigen Plattform-Hersteller weiter zu demokratisieren Bar-seq, mit Sequenzierung wahrscheinlich das Auslesen der Wahl geworden. Dieses Protokoll wurde auch auf der Illumina HiSeq validiert. Eine ausgezeichnete Vorführung der Verwendung von Optionsempfindlichkeitsverhältnisse eine grundlegende biologische Frage in Ungesicherte option ist cerevisiae Wachstumskontrolle Adresse ist in einer aktuellen Studie von Gresham et al.

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